Изучение ассоциации с кератоконусом однонуклеотидных вариантов в гене COL5A1 и прилегающем межгенном пространстве в когорте пациентов из России

Авторы

  • Л.О. Скородумова ФГБУ «Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины Федерального медико-биологического агентства»
  • А.В. Белодедова ФГАУ «НМИЦ «МНТК «Микрохирургия глаза» им. акад. С.Н. Федорова» Минздрава России
  • Е.С. Захарова ФГБУ «Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины Федерального медико-биологического агентства»
  • Е.И. Шарова ФГБУ «Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины Федерального медико-биологического агентства»
  • М.М. Бикбов ГБУ «Уфимский научно-исследовательский институт глазных болезней АН Республики Башкортостан»
  • Э.Л. Усубов ГБУ «Уфимский научно-исследовательский институт глазных болезней АН Республики Башкортостан»
  • О.П. Антонова ФГАУ «НМИЦ «МНТК «Микрохирургия глаза» им. акад. С.Н. Федорова» Минздрава России
  • Б.Э. Малюгин ФГАУ «НМИЦ «МНТК «Микрохирургия глаза» им. акад. С.Н. Федорова» Минздрава России

Ключевые слова:

кератоконус, COL5A1, генетические маркеры, диагностика

Аннотация

Цель. Выявить ассоциацию с кератоконусом маркеров вблизи гена COL5A1 и в его интроне. Изучить взаимосвязь наличия маркерной аллели с уровнем экспрессии гена COL5A1 в роговице пациентов с кератоконусом.
Материал и методы. В исследование было включено 70 пациентов с диагнозом «кератоконус», а также 100 участников контрольной группы. Все участники были генотипированы по двум маркерам, ассоциированным с кератоконусом: rs1536482 и rs7044529. Проведен расчет диагностических показателей для оценки возможности использования маркеров в качестве классификаторов кератоконуса. У пациентов с кератоконусом, которым была выполнена кератопластика, были собраны образцы роговицы (n=9) для выделения РНК. Проведено сравнение уровня экспрессии гена COL5A1 в группе образцов роговицы пациентов с хотя бы одной маркерной аллелью (rs1536482+) и группе образцов без маркерных аллелей
(rs1536482-) с помощью ПЦР в реальном времени, сопряженной с обратной транскрипцией.
Результаты. Было выявлено значимое различие в частоте встречаемости маркерной аллели rs1536482 между группой пациентов с кератоконусом и контрольной группой (p=0,0004, критерий Фишера).
Хотя бы одна маркерная аллель rs1536482 была обнаружена у 67,1% пациентов (чувствительность маркера) с кератоконусом и 46% участников контрольной группы. Таким образом, специфичность маркера является низкой (0,54). Отношение шансов составило 2,4, а отношение рисков – 1,69. Анализ экспрессии генов в роговице пациентов не выявил ассоциации уровня экспрессии гена COL5A1 с генотипом (p=0,9, критерий Манна-Уитни).
Выводы. В данном исследовании была выявлена ассоциация rs1536482 с кератоконусом в выборке пациентов из России. Однако в связи с низкой специфичностью данного маркера он не может быть использован в качестве классификатора кератоконуса. Наличие маркерной аллели не ассоциировано с уровнем экспрессии гена COL5A1.

Загрузки

Опубликован

2021-06-10

Выпуск

Раздел

Статьи

Наиболее читаемые статьи этого автора (авторов)

1 2 3 4 > >>