Учредителями журнала являются Министерство здравоохранения России и ФГАУ «НМИЦ «МНТК «Микрохирургия глаза» им. акад. С.Н. Федорова Минздрава России. Журнал издается под эгидой Общества офтальмологов России.

Основателем и первым главным редактором журнала был всемирно известный офтальмолог академик Святослав Николаевич Федоров. Профессор Леонид Феодосьевич Линник с основания журнала был заместителем главного редактора, с 2000 по 2008 год  – главным редактором. В настоящее время главным редактором журнала является профессор Борис Эдуардович Малюгин.

Журнал «Офтальмохирургия» зарегистрирован Комитетом Российской Федерации по печати 9 октября1990 года (свидетельство о регистрации № 187). В 1998 году журналу был присвоен ISSN 0235-4160 для печатной версии,  в 2014  году – ISSN 2312-4970 для электронной версии.

Решением ВАК Минобрнауки России журнал «Офтальмохирургия» включен в Перечень российских рецензируемых научных журналов, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученых степеней доктора и кандидата наук.

Статьи журнала размещаются в электронной библиотеке eLIBRARY.RU, регистрируются в реестре Crossref. Издание индексируется в РИНЦ, входит в базы данных Russian Science Citation Index на платформе Web of Science, DOAJ, Ulrichs Periodicals Directory, Library of Congress, The European Library, The British Library и др.

Импакт-фактор журнала РИНЦ (20189 г.) – 0,875.